Depuis la découverte de la pierre de Rosetta  par les soldats français en 1799 et sa traduction pionnière des hiéroglyphes en 1822, l’Égypte était devenue une terre d’étude incontournable pour les archéologues comme de Rougé et son assistant Mariette. À partir des années 1840, les explorateurs français rapportèrent des centaines d’objets destinés aux collections du Louvre.

En 1851, de Rougé fut invité aux vendredi-soirées de de Nieuwerkerke¹⁶, probablement grâce à l’influence de son soutien, de Saulcy⁶⁹, qui avait largement parcouru l’Afrique du Nord dans les années 1840. Cette année-là, de Rougé présenta ses recherches sur les hiéroglyphes, inspirant Giraud¹¹ à dessiner une caricature saisissante de lui aux côtés d’un pharaon.

Un article de Ménestrel de 1854 confirme sa présence dans la Soirée au Louvre, affirmant :
« Fortoul a un entretien avec des archéologues. »
Cependant, après la révision du tableau, Fortoul⁴⁶ n'est plus engagé dans la conversation — tandis que de Rougé est assis loin de lui. Il en va de même pour l’autre archéologue, Longpérier³⁷.
En février 1853, de Rougé fut nommé Chevalier de la Légion d’Honneur, en même temps que son collègue conservateur de Reiset⁶⁵.

Aux côtés du célèbre archéologue allemand Karl Lepsius, de Rougé développa une méthode rigoureuse d’analyse des découvertes hiéroglyphiques. Il proposa également la théorie selon laquelle l’alphabet phénicien dérivait des hiéroglyphes égyptiens—bien que des recherches ultérieures suggérèrent qu’il émanait plutôt de groupes de travailleurs sémitiques en Égypte.

Il devint professeur d’égyptologie au Collège de France, sénateur, et auteur prolifique, publiant de nombreux ouvrages et articles tout en poursuivant ses explorations en Égypte entre 1863 et début 1864.